Геннадій Іванович Пінігін народився 19 травня 1943 року в селищі Акутихи, Бистроістокского району, Алтайського краю.

1960 - 1965 рр. - Студент Томського Державного університету.

У 1962 році нагороджений Почесною грамотою і знаком Астрономічної Ради АН СРСР. У 1965 році закінчив Томський державний університет за спеціальністю "Астрономогеодезія".

1965 - 1968 рр. - Аспірант Головної (Пулковської) астрономічної обсерваторії Академії Наук СРСР.

1968 - 1985 рр. - Молодший науковий співробітник ГАО АН СРСР.

У 1973 році захистив дисертацію на здобуття наукового ступеня кандидата фізико-математичних наук за спеціальністю "01.03.01 - Астрометрія і небесна механіка". Тема дисертації - «Дослідження пулковського горизонтального меридіанного кола Л.А. Сухарева за результатами спостережень прямих сходжень зірок ». Науковий ступінь присуджений дисертаційною радою ГАО АН СРСР, диплом МФМ № 020577.

У 1974 році закінчив Ленінградський інститут авіаційного приладобудування за спеціальністю «Радіоелектронні пристрої».

У 1976 - 1977 рр. - Начальник полярної експедиції на острові Західний Шпіцберген (Баренцбург, Норвегія).

У 1979 році обраний в члени Міжнародного астрономічного союзу (МАС), на 17-й Генеральній Асамблеї МАС.

У 1985 - 1986 рр. - Старший науковий співробітник ГАО АН СРСР. У 1985 - 1991, 1994 - 2000 рр. - Член організаційного комітету комісії № 8 "Позиційна астрономія" МАС.

У 1985 році нагороджений срібною медаллю Виставки досягнень народного господарства (ВДНГ) СРСР, Москва.

У 1986 році прийнят в члени Європейського астрономічного товариства.

1986 - 2001 рр. - Член вченої ради Академії наук СРСР (після 1992 року - Російської академії наук (ГАО РАН)).

З 1992 року по теперішній час - директор Миколаївської астрономічної обсерваторії, яка з 2002 року є науково-дослідним інститутом.

У 1992 році присвоєно науковий ступінь доктора фізико-математичних наук за спеціальністю "01.03.01 - Астрометрія і небесна механіка". Тема дисертації - «Визначення прямих сходжень і відмін зірок по засобам автоматичного меридіанного інструменту горизонтальної конструкції». Науковий ступінь присуджений спеціалізованою вченою радою Головної астрономічної обсерваторії Національної Академії наук України, диплом ДН N000357. У 1993 році прийнят у члени Української астрономічної асоціації.

У 1994 році прийнят в члени Євро-Азіатського астрономічного товариства (Москва); з 2002 року по 2004 рік входив до складу Правління.

У 1997 році присвоєно вчене звання професора за фахом «астрономія і фізика». Звання присвоєно рішенням вченої ради Миколаївського державного педагогічного інституту ім. В.Белінского (з 2001 року - Миколаївський національний університет імені В. О. Сухомлинського).

У 1998 році був нагороджений Почесною грамотою Міністерства науки України, наказ № 149 від 13 травня 1998 року.

З 2000 року по 2003 рік - заступник голови, а далі член експертної вченої ради з астрономії Міністерства освіти і науки України.

З 2000 року по теперішній час - член спеціалізованої ради ГАО Національної Академії наук України.

У 2003 році ім'ям Геннадія Івановича Пінігіна названа мала планета (7976 Pinigin), відкрита Н. С. Черних 21 серпня 1977 в Кримській астрофізичній обсерваторії.

З 2006 року - член комісії № 41 "Історія астрономії" МАС.

У 2006 році нагороджений Почесною грамотою «Святий Миколай Чудотворець» III ступеня.

У 2008 році наказом Міністерства освіти і науки України нагороджений нагрудним знаком «За наукові досягнення».

У 2009 році - член національного комітету Україна з відзначення Міжнародного року астрономії (МРА-2009).

У 2010 році нагороджений знаком Національної академії наук України "За професійні досягнення", посвідчення № 305.

У 2010 році обраний "Громадянином року" (2009) в номінації "Наука і освіта" (м. Миколаїв); вручені знак і диплом.

У 2011 році нагороджений Почесною грамотою і знаком Верховної Ради України "За особливі заслуги перед українським народом", Розпорядження Голови Верховної Ради України № 714 від 23 серпня 2011 року.

У 2012 році Указом Президента України № 331/2012 за вагомий особистий внесок у розвиток вітчизняної науки, зміцнення науково-технічного потенціалу України, багаторічну бездоганну працю нагороджений Орденом "За заслуги" III-го ступеня.